Program Magister Ekonomi Islam didirikan untuk menjawab perkembangan praktek ekonomi bisnis yang berbasis pada hukum Islam. Pertumbuhan dan implementasi bisnis syariah belakangan ini mengundang Pascasarjana Universitas Gadjah Mada untuk berpartisipasi dalam memberikan para akademisi dan praktisi unggulan dengan latar belakang Ekonomi Islam. Isi inti dari Program Ekonomi Islam difokuskan pada studi ekonomi, bukan pada ilmu yurisprudensi (atau hukum bisnis Islam). Materi kursus dirancang untuk memperkaya siswa dengan menggabungkan konsep teoritis akademik dengan studi kasus empiris. Materi dan gaya pembelajaran disusun sejalan dengan kajian-kajian ilmiah-ilmu ekonomi, bukan pada ukhuwah-fiqiyah. Mahasiswa ditantang untuk menilai realitas ekonomi dalam menggunakan hukum Islam, daripada memimpikan penerapan hukum Islam dengan mengingkari realitas. Lulusan Program Magister Ekonomi Islam adalah:
- Siap menghadapi bursa kerja, dengan motivasi yang kuat untuk mengembangkan ekonomi Islam.
- Mampu bersaing di dunia profesional baik sebagai praktisi maupun konsultan di bidang ekonomi Islam.