Kurikulum Program S2 Minat Studi Ekonomi Islam mencakup komponen perkuliahan (komponen A) dan komponen riset (komponen B). Komponen perkuliahan (komponen A) terdiri dari matakuliah-matakuliah defisiensi (wajib matrikulasi) dan tiga kelompok matakuliah-matakuliah yang lain, yaitu matakuliah-matakuliah wajib, matakuliah-matakuliah pilihan konsentrasi dan matakuliah-matakuliah pilihan bebas.
- Matakuliah defisiensi adalah matakuliah yang harus ditempuh oleh calon mahasiswa Program S2 Minat Studi Ekonomi Islam yang memiliki latar belakang program studi berbeda pada jenjang pendidikan sebelumnya.
- Matakuliah wajib adalah matakuliah yang harus ditempuh oleh semua mahasiswa Program S2 Minat Studi Ekonomi Islam tanpa terkecuali.
- Matakuliah pilihan konsentrasi adalah matakuliah yang harus ditempuh oleh mahasiswa sesuai dengan pilihan konsentrasinya masing-masing.
- Matakuliah pilihan bebas adalah matakuliah yang bebas ditempuh atau tidak ditempuh sesuai dengan kebutuhan mahasiswa.