Pendaftaran dan seleksi calon mahasiswa Program S2 Minat Studi Ekonomi Islam dilaksanakan melalui tiga jalur berbeda, yaitu jalur seleksi reguler, jalur seleksi kerjasama dan jalur seleksi internasional.
Jalur Reguler
Diperuntukkan bagi calon mahasiswa Program S2 Minat Studi Ekonomi Islam dengan biaya sendiri, calon mahasiswa dengan biaya dari instansi tempatnya bekerja, dan calon mahasiswa dari masyarakat umum yang sedang mengajukan beasiswa dari berbagai Kementerian di Republik Indonesia.
Jalur Kerjasama
Diperuntukkan bagi calon mahasiswa Program S2 Minat Studi Ekonomi Islam yang dibiayai oleh organisasi mitra Universitas Gadjah Mada yang memiliki memorandum of understanding (MoU) kerjasama.
Jalur Internasional
Diperuntukkan bagi calon mahasiswa Program S2 Minat Studi Ekonomi Islam yang memiliki kewarganegaraan asing (WNA).